Die Münchenerin startete ihre Karriere im Alter von fünf Jahren in Yasemin Samderelis Hochschul-Kurzfilm „Lieber Gott“. Als Filmtochter von Andrea Sawatzki und August Zirner stand sie 1997 in Rainer Kaufmanns „Die Apothekerin“ vor der Kamera und mit Hauptdarstellerin Katja Riemann drehte sie zwei Jahre später Egon Günthers TV-Drama „Else“. 1999 spielte sie in einer Nebenrolle des Science-Fiction-Dreiteilers „AEON – Countdown im All“ von Regisseur Holger Neuhäuser. Danach sah man sie in der Teenager-Komödie „Endlich Sex!“ von Regisseur Klaus Knoesel (2003). Sie übernahm Rollen in Fernsehserien wie „Siska“ und „SOKO 5113“ und wirkte 2004 neben Senta Berger und Peter Sattmann im ARD-Zweiteiler „Emilia“ mit. Mit Dietmar Pfaff stand sie in dem Psychodrama „Bloch – Die Wut“ (2006) vor der Kamera, wofür sie 2007 mit dem Günter-Strack-Fernsehpreis ausgezeichnet wurde. Im Familiendrama „Verlassen“ (2007) spielte sie an der Seite von Martina Gedeck. Für ihre Rolle der minderjährigen Mutter Anne Kempf im „Tatort – Kleine Herzen“ wurde sie 2008 mit dem Nachwuchsförderpreis des Bayerischen Fernsehpreises ausgezeichnet und erhielt im selben Jahr den New Faces Award. Janina Stopper stand auch für einige Folgen der Fernsehserie „In aller Freundschaft“ vor der Kamera. 2009 spielte sie an der Seite von Monica Bleibtreu und Julia Jentsch im Kinofilm „Tannöd“ mit.
Von 2010 bis 2014 studierte Janina Stopper Schauspiel an der Hochschule für Film und Fernsehen Konrad Wolf Potsdam (jetzt Filmuniversität Babelsberg KONRAD WOLF) und stand u. a. in der sechsteiligen ZDF-Serie „Klimawechsel“ vor der Kamera, die 2010 herauskam. Die Idee stammte von Doris Dörrie, die neben Gloria Behrens und Vanessa Jopp Regie führte. 2012 stand sie in Wolfgang Borcherts „Draußen vor der Tür“ im Hans Otto Theater Potsdam auf der Bühne und 2016 spielte sie neben Michael Mendl und Judy Winter im St. Pauli Theater in dem Stück „Haus auf dem Land“ von Donald Margulies, Regie führte Guntbert Warns. 2016 spielte sie bei den Bad Hersfelder Festspielen in Arthur Millers „Hexenjagd“ (Inszenierung: Dieter Wedel), 2017 folgte „Martin Luther – Der Anschlag“ wieder unter der Regie von Dieter Wedel und 2021 die Titelrolle in „Momo“ nach Michael Ende. 2019 war Janina Stopper in der ARD-Serie „Tierärztin Dr. Mertens“ zu sehen und 2020 strahlte ZDFneo die Krimiepisode „Dunkelstadt – Traumfänger“ aus, in der Janina Stopper eine Episodenhauptrolle spielte. 2023 folgten der Fernsehfilm „Die Flut – Tod am Deich“ und seit Februar 2024 ist Janina Stopper als Sandra Hagmann in der ARD-Serie „Die Notärztin“ zu sehen.
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