Ihre Ausbildung, die sie um einen Acting-Workshop bei Susan Batson vom Actors Studio New York ergänzte, absolvierte die gefragte Schauspielerin und Sängerin von 1995 bis 1999 an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg. Schon bei ihrem Theaterdebüt an den Hamburger Kammerspielen konnte sie in der Hauptrolle der Lilian in „Happy End“ ihre Vielseitigkeit bei den mit spezifischem Stil zu singenden Kurt-Weill-Songs beweisen. Weitere Gastengagements führten die Tochter der Thalia-Theater-Schauspielerin Angelika Thomas und des Regisseurs und Schauspielers Roland Schäfer (u. a. Schaubühne Berlin) über das Renaissance-Theater Berlin (Käthchen in „The Black Rider“) zu den Bad Hersfelder Festspielen (Berta in „Die Verschwörung des Fiesco zu Genua“). Im Anschluss an ihr Engagement am Stadttheater Bern (1999–2001) spielte sie die Buhlschaft im Hamburger „Jedermann“ (2001). Gastauftritten bei den Ruhrfestspielen Recklinghausen, am Maxim Gorki Theater Berlin und am Bauturm Theater Köln folgten weitere Gastengagements, z. B. am Theater Krefeld-Mönchengladbach (2003–2006), wo sie u. a. als Hope in Cole Porters Musical „Anything Goes“ zu sehen war. Anschließend ging sie ans Schauspielhaus (2007/2008) und ans Prinz Regent Theater Bochum (2010/2011). Am Schauspielhaus Bochum spielte sie die Celia in Shakespeares „Wie es euch gefällt“ (Regie: Elmar Goerden). Seit 2019 ist Anna Schäfer in einer Hauptrolle in der mit dem 1. INTHEGA-Preis ausgezeichneten Produktion „Aus dem Nichts“ nach dem Film von Fatih Akin mit der Konzertdirektion Landgraf auf Gastspielreise zu erleben.
Durch anspruchsvolle Episodenrollen und ihr facettenreiches Spiel hat sie sich seit 1994 inzwischen auch im Fernsehen einen Bekanntheitsgrad erworben. Anna Schäfer war u. a. in so erfolgreichen Reihen und Serien wie „Alles außer Mord“, „Polizeiruf 110“, „Alarm für Cobra 11“, „Abschnitt 40“, „Die Bergretter“, „Rosamunde Pilcher“, „Heldt“, „Dr. Klein“, „SOKO Hamburg/Wismar/Köln“ („Ihr letzter Wille“, 2015), „Inga-Lindström“, „In aller Freundschaft“ oder „Tatort“ (Dortmund, Bern, München, Norddeutschland) zu sehen. Neben vielen Fernsehfilmen wie u. a. „Das Mädchen mit den Schwefelhölzern“ (2013) oder „Zielfahnder – Flucht in die Karpaten“ (2016, Regie: Dominik Graf) drehte sie Kinofilme. Ab 2011 stellte die Allrounderin ihr komisches Talent in der Comedy-Serie „Knallerfrauen“ (Deutscher Comedypreis 2012 als Beste Sketch-Comedy und Deutscher Fernsehpreis als Beste Comedy) und anderen Formaten an der Seite von Martina Hill unter Beweis. Einem breiten Fernsehpublikum wurde sie ab 2009 in der Sat.1-Seifenoper „Eine wie keine“ bekannt, in der sie 146 Folgen lang die Rolle der verrückten Designerin Emily Körner spielte. 2019 war sie im Ersten in allen sechs Folgen der Miniserie „Bonusfamilie“ im Hauptcast zu sehen.
Die Schauspielerin mit der schönen Mezzosopran-Stimme ist auch deutschlandweit mit satirisch-musikalischen Programmen und ihrer von einem hochklassigen Team produzierten Jazz-Formation ANNA & der SWING KLUB unterwegs. Unter anderem ist auch ihr Liederabend „Seemannsbraut ist die See“ zusammen mit ihrer Mutter auf CD erschienen; seit 2019 gibt es das Programm „#KanndennLiebeSündesein“. Aktuell ist sie mit ihrem Ehemann Jochen Kilian mit dem musikalischen Kabarett-Programm „JETZT – morgen war gestern“ auf Tournee.
Der Wechsel zwischen Kamera, Schauspiel, Comedy und Gesang hat Anna Schäfer zu einer abwechslungsreichen und versierten Künstlerpersönlichkeit gemacht.
Aktuelle Produktionen: „Aus dem Nichts“ (1. INTHEGA-Preis DIE NEUBERIN 2020), „Stella“